1.การจัดตั้งสภาที่ปรึกษา เพื่อให้ขุนนาง ข้าราชการ ได้คุ้นเคยกับการปกครองในรูปแบบใหม่ ทำให้ขุนนาง ข้าราชการได้รู้จักการแสดงความคิดเห็น รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ แต่งตั้งให้มี 2 สภา คือ
1)สภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน ทำหน้าที่ประชุมปรึกษาในเรื่องราชการแผ่นดิน การออกกฎหมายต่างๆ
2)สภาที่ปรึกษาส่วนพระองค์ ทำหน้าที่ให้คำปรึกษาส่วนพระองค์เกี่ยวกับราชการต่างๆ
2.การปฏิรูปการปกครองส่วนกลาง ใน พ.ศ.2430 พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงเทวะวงศ์วโรปการเสด็จกลับจากดูงานการปกครองในประเทศสหรัฐอเมริกา ยุโรป และญี่ปุ่น ได้ทรงทำบันทึกเสนอต่อรัชกาลที่ 5 พระองค์ทรงพิจารณาที่จะให้มีการปฏิรูปการปกครอง จึงได้ทรงจัดตั้งกรมขึ้นใหม่ 6 กรม เมื่อรวมกับที่มีอยู่แล้ว 6 กรม เป็น 12 กรม คือ
1)กรมมหาดไทย 2)กรมพระกลาโหม 3)กรทท่า 4)กรมวัง 5)กรมเมือง 6)กรมนา 7)กรมพระคลัง 8)กรมยุติธรรม
9)กรมยุทธนาธิการ 10)กรมธรรมการ 11)กรมโยธาธิการ 12)กรมมุรธาธิการ
ใน พ.ศ.2435 กรมเหล่านี้ได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นกระทรวง และโปรดฯ ให้ยกเลิกการปกครองระบบจตุสดมภ์ และใน พ.ศ.2437 ได้มีพระราชบัญญัติแยกอำนาจหน้าที่ของกระทรวงกลาโหมและมหาดไทยออกจากกัน
3.การปฏิรูปการปกครองส่วนภูมิภาค มีการปกครองตามระบบเทศาภิบาล ซึ่งได้ระบุไว้ใน ประกาศจัดปันหน้าที่ระหว่างกระทรวงกลาโหมและกระทรวงมหาดไทย ร.ศ.113 โดยรวมหัวเมืองหลายเมืองเข้าเป็น 1 มณฑล มีข้าหลวงเทศาภิบาลเป็นผู้บังคับบัญชาการมณฑลละ 1 คน ซึ่งต้องขึ้นตรงต่อกระทรวงมหาดไทย การเปลี่ยนระบบการปกครองหัวเมืองเป็นระบบเทศาภิบาลไม่ได้ดำเนินการเป็นไปอย่างราบรื่น เพราะว่ารัฐบาลประสบปัญหาหลายอย่าง เช่น การขาดบุคลากรในการปฏิบัติงาน รัฐบาลกลางขาดงบประมาณทำให้รัฐบาลต้องเร่งรัดภาษี
4.การปฏิรูปการปกครองส่วนท้องถิ่น ซึ่งต้องการให้ราษฎรมีส่วนร่วมในการปกครองประเทศ ได้มีการประกาศพระราชบัญญัติจัดการสุขาภิบาล สุขาภิบาลหัวเมืองแห่งแรกคือสุขาภิบาลตำบลท่าฉลอม จังหวัดสมุครสาคร ตั้งขึ้นใน พ.ศ.2448
